Anal fissür tedavi algoritmasında ilk adım ilaç tyedavisi iken ikinci adım sıklıkla botoks uygulaması desteğidir. Tüm bunalara rağmen sonuç alınamayan hastalarda ise son çatre olarak cerrahi (Kas gevşetme-LİS ameliyatı) önerilir.
  Diğer taraftan, özellikle doğum sonrası belirginleşen ve gerek ilaç tedavisine gerekse de botoks uygulamasına drençli anal fissürlerde; altta yatan ve dışkılama güçlüğüne yol açan hastalıkları (Anismus, rektosel, pelvik taban düşüklüğü, rektal hiposensitivite gibi) da düşünmek gerekir. Malum kas gevşetme aemliyatı olunsa dahi altta yatan ve dışkılama güçlüğüne yol açan bu olası hastalıklar nedeniyle makat; her tuvalette zorlanmaya devam eder. Bu zorlanmalara paralel olarak da makat sorunları devam eder. O yüzden anal fissür olan hastalarda sade dışatrıdan gözle yapılacak muayene ile yetinilmemeli, altta yatan ve dışkılama güçlüğpüne oyl açan hastalıklara yönelik iler proktolojik inceleme (Baryum Defekografi, anal manometri, endoanal usg gibi) sounçları da görülmelidir. Böyle bir durum varlığında ise daha bütünsel tedavilere gitmek çok daha etkin ve kalıcı sonuçlar için gerekli olacaktır.