Özellikle apse formasyonu da içeren Anal fistüllerde emevcut enfeksiyonu (apseyi) yok etmek için öncelikle gevşek seton uygulaması yapılır. Müteakiben de fistülotomi, elastik seton, yarı gevşek seton, hibrit seton, kesici seton gibi ilave uygulamalarla tedaviye devam edilir.
  Fistülotomi ile devam edildiği takdirde bir yara oluğu oluşur. Vadi misali... Bu süreçte yara oluğunun (vadinin) tepe kenarları, oluğun(vadinin) tabanına doğru dikişlerle yaklaştırılır. Bu sayede yara oluğunun tepe kenarlarının birbirine temas edip erken kapanması engellenmiş olur. Böylece yara oluğunun (vadinin) dipten iyileşmesi sağlanarak kalıntı enfeksiyon (nüks) riski azaltılmış olur. Ancak bu uygulama (unroofing procedure), gerek çok hareketli olması gerekse de enfekte bir bölge olması sebebiyle anal bölgede pek tercih edilmez. O yüzden bu tip yara oluğunun derin olacağı düşünülen anal fistüllerde, tedaviye fistülotomi yerine elastik seton, yarı gevşek seton veya hibrit seton uygulamalarıyla devam edilir. Ama bunlar da tedavi sürecini uzatır...